由于继发性腹膜炎大多为多菌怀混合感染，故应联合应用对需氧菌和厌氧菌有效的抗生素。常用的方法是氨基甙类抗生素或氨苄青霉素与甲硝哒唑联合应用。或应用对上述两种细菌都有治疗作用的第三代头孢菌素，如头孢噻吩和头孢羟羧氧酰胺。 继发性腹膜性在绝大多数情况下需手术治疗，去除病灶、修补穿孔、吸去脓液，必要时引流腹腔。腹部切口和麻醉方式依原发病灶的部位而定。如病因不明确，则可作剖腹探查切口，即右中腹膜直肌切口。必要时切口可向上或向下延长。
关于腹腔冲洗问题。原则上局限性腹膜炎不行腹腔冲洗，以免感染扩散。弥漫性腹膜炎，腹腔污染严重，或有胃肠内容物等异物，病人情况又许可时，可用大量生理盐水冲洗腹腔。吸尽冲洗液后，必要时可用1%新霉素溶液500ml冲洗腹腔，但应注意病人的呼吸是否受到抑制。或将1%碘伏用生理盐水稀释10倍，用1000ml稀释的碘伏冲洗腹腔，但患甲状腺机能亢进、肾功能不全或对碘过敏者禁用。有时尚可应用腹腔连续灌注。
关于腹腔引流问题，应视病变的性质和手术处理的方式百定。弥漫性腹膜炎，病灶已彻底清除，腹腔清洗干净者，原则上不放置引流。病灶处有感染坏死组织，或虽经处理但很难保证不发生胃肠道瘘，则应放置引流物，如烟卷引流、硅胶管、或双套管。
腹膜炎病人的手术切口大多有一期缝合，如切口污染较严重，可用可吸收肠线缝合腹膜，切口全层置数根尼龙张力缝线，而切口内堵塞盐水纱布，外盖消毒敷料，每天更换纱布，4～5天后，待分泌物减少及有健康的肉芽组织生长，再行切口延期缝合，常可避免切口的严重感染。
术后应取半坐卧位，使脓液流向盆腔。由于盆腔腹膜吸收能力较上腹部差，可减少毒素吸收。即使形成脓肿，也可经直肠或阴道后穹窿引流。
原发性腹膜炎经抗生素治疗，常能得到控制。一般不需要手术治疗。如难以与继发性腹膜炎相鉴别，仍宜行剖腹探查。如为原发性膜炎，可吸出脓液，腹腔不谢引流，並可同时切除阑尾。