治疗要点有三：抗阿米巴药物，需要时反复穿刺抽脓，支持治疗。外科治疗仅适于个别病人。 抗阿米巴药物首选灭滴灵，因其高效、安全，并有抗厌氧菌作用，使多数病人可免除穿刺抽脓，治愈率达70～90%。氯喹（氯化喹啉）、吐根素亦有较高疗效，但毒性较大，可作为灭滴灵的替换药物。合并细菌感染者可选相应抗菌药物。
经皮肝穿刺抽脓过去为本病极重要的有效治疗手段，灭滴灵应用后，多数已无需穿刺抽脓，但部分病人仍需应用，其要点为：①穿刺前3～5天先行抗阿巴治疗与必需的支持治疗；②穿刺前必须作认真的超声检查，搞清脓肿大小、数目、位置、以及穿刺的进路；③穿刺点选最近脓腔但又不穿过胸腔者；④严格无菌操作；⑤穿刺针粗细适度，每次尽量抽完，但过度负压易致出血；⑥脓腔抽空后可再用超声核实，并注入抗菌药物以防继发性感染，通常每周2～3次，脓液减少后可递减。
支持治疗包括维生素，必要的补液，小量输血。
脓腔太大或合并细菌感染，而穿刺不能有效控制者，亦可酌用闭式引流，即通过套管针置入大小适中、软硬适度的塑料或硅胶管，但引流后需防治继发性感染。有并发穿入附近体腔者亦宜作用相应引流。切开引流宜严格选择。慢性厚壁脓肿经上述治疗无效亦可考虑肝部分切除。