（一）非手术疗法 可用碘油、三氯醋酸等烧灼瘘管、电灼瘘管以及用盐酸奎宁、25%水杨酸钠冲洗瘘管，这些方法主要用于不适合或暂缓手术治疗病人的临时性处置。 （二）手术切除 是根治鳃裂瘘管的方法。其手术方法：
1.切口 在外瘘口周围做梭形切口，切开皮肤、皮下组织及颈阔肌。用组织钳抓住瘘口，沿瘘管的周围向深部分离至颈动脉窦处，再于颈动脉窦处做横切口，将已游离的瘘管下半部分经此切口中拖出。
2.切除瘘管 将胸锁乳突肌向外牵拉，暴露颈动脉三角，再沿瘘口的上半部分向深部分离，直到咽侧壁的扁桃体窝。若为第三、四鳃裂瘘管，应沿瘘管的走行分离至梨状窝或食管上段。切除瘘管，如与咽腔相通，应立即缝合。
3.逐层缝合伤口，并置引流管。