乙肝疫苗自1979年问世以来，经过近20年的大规模应用和观察，至今尚未见有关于注射后引起严重副作用的报道。只有少数人出现接种部位红肿、硬结、疼痛，手臂酸重或发热、恶心、呕吐、乏力、皮疹等与一般疫苗接种大致相仿的轻微反应，多于1-3天内不治自愈。
由于乙肝疫苗属血源性的，在制备过程中纯化与灭活程序十分严密，故不会产生像破伤风等动物血清疫苗可能造成的过敏反应，也不会感染上乙肝、艾滋病及其他传染性疾病。与其他疫苗同时接种亦末出现相互干扰作用；因此，可以说，乙肝疫苗是安全可靠的预防疫苗，注射前也不必皮试。
至于注射时应当注意的事项大致有以下几个方面：
1.凡发热、严重感染及其他严重的全身性疾病者，应暂缓接种。
2.新生儿第一针必须在出生后24小时内注射，若超过48小时后注射。则预防效果降低。出生后一个月仍未行注射者，则应先检测有关乙肝指标，证实未被感染者，可与乙肝高效价免疫球蛋白(HBIG)合用。
3.乙肝疫苗与其他疫苗如白百破、卡介苗、乙脑疫苗等同时接种，互相之间无干扰作用；但有人认为若与麻疹疫苗同时接种，有可能降低麻疹疫苗的免疫效果，故二者最好分开接种。
4.注射后局部应保持卫生，最好三天内不要擦洗，以免抓破引起局部感染。
5.注射第3针疫苗后的1-3个月，应到医院检测保护性抗体(抗-HBs)水平，以判断免疫效果。若无效者，需行加强注射一次。
6.成人注射前需先检测乙肝病毒(HBV)指标，已有感染，或感染后已痊愈并产生保护性抗体者，不需注射疫苗。
7.凡对福马林或硫柳汞及其他药物过敏者禁用
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