随着肝硬变肝功能失代偿的出现，可发生不同的合并症。最常见的合并症有以下几种：
(1)上消化道大出血：肝硬变发展到肝功能失代偿的后期；由于肝细胞不断坏死、增生，结缔组织及瘢痕形成，肝小叶结构异常改变，致使门静脉压力进一步升高。由于门静脉血液回流发生障碍，为了另找出路，门静脉与脐静脉之间逐渐建立起侧支循环，并且逐渐扩大、增粗，使腹壁静脉改道，不经下腔静脉而直接进入上腔静脉。食管静脉和胃底静脉与奇静肠相沟通，特别是胃底和食管下段的交通支在临床上起着重要的作用。在正常情况下，这些交通支都很纫，血流量不大，当门静脉回流受阻，静脉压增高时，因门静脉本身无静脉瓣，门静脉血流可逆流入以上交通支中，久而久之使交通支扩张，胃底和食管下段静脉因经门静脉最近，由于压力差较大，故最早发生静脉曲张。日久天长，在曲张静脉部位的食管或胃的粘膜变薄，加上食物的机械刺激损伤，胆汁胃液反流的化学腐蚀，腹水以及恶心、呕吐、便秘、咳嗽、呃逆时腹压的增加，均可使门静脉的压力突然升高，导致曲张的静脉破裂出血，形成上消化道大出血。
(2)腹水及浮肿的形成：由于肝硬变后期门静脉压力升高，致门静脉系毛细血管内压增高，同时又因压力升高后血管壁变薄，通透性增加，原来不能透过的水分、部分蛋白质及电解质渗入腹腔。肝硬变时由于肝功能失代偿时蛋白质的消化吸收障碍和肝脏加工合成白蛋白的功能减退，致使血中白蛋白减少，血浆胶体渗透压降低，血浆内大量的水分渗入腹腔。另外，因肝功能减退时，内分泌功能失调，血中醛固酮、抗利尿激家以及雌激素增加，也是形成腹水和浮肿的一个原因。
(3)原发性腹膜炎及合并其它部位感染：肝硬变时由于病人身体抵抗力降低，易并发各种感染，如细菌性肺炎、支气管炎、尿路炎、肠炎、结核性腹膜炎及肺结核等。当发生腹水时，由于腹水适于细茵微生物的生长繁殖，特别是革兰氏阴性杆菌的生长，此时极易引起经常见的原发性腹膜炎。细菌可透过血管壁进入门静脉，未经肝脏消毒灭菌即进入侧枝循环，然后直接进入体循环，造成菌血症或败血症。
(4)肝昏迷：肝功能严重衰竭时可发生肝昏迷。正常情况下，肝脏对蛋白质氨基酸的代谢是：蛋白质→氨基酸→去氨作用→氨→尿素。肝硬变后期，由于肝功能严重障碍，去氨作用差，氨不能进一步合成尿素，血液中氨的浓度升高，毒害中枢神经系统。患者起初躁动不安、谵妄、痉挛，后期嗜睡、昏迷。同时由于肝细胞的缺氧、缺血、坏死，以及细胞组织的无氧代谢产生大量的有毒物质也毒害中枢神经系统，从而进一步加重了肝昏迷。肝功能衰竭时，对肝糖原的分解作用减弱，血糖降低，也可引起肝昏迷。此外，肝硬变肝功能衰竭时，肝内三大代谢障碍，使血液和全身各个组织器官特别是脑组织细胞生物化学过程发生紊乱，造成脑血流障碍和缺氧，以及肝脏不能将体内大量的代谢产物加工解毒。这些都是导致肝昏迷的重要因素。
(5)原发性肝癌：原发性肝癌的病因是多方面的、综合性的因素。目前认为与饮用水的污染、黄曲霉菌、亚硝胺、农药、肝脏寄生虫感染，以及营养不良等有密切关系。在我国还与病毒性肝炎关系十分密切。通过调查，肝硬变由肝炎病毒引起的多系结节性肝硬变，而结节性肝硬变发展成肝癌的比例高。由此推断，病毒性肝炎、肝硬变与肝癌关系密切。根据肝癌切除的标本检查，肝癌合并肝硬变的发生率大多在69.9%一86.8%，最高合并率高达.91.8%，而有的报告肝癌不合并肝硬变的仅占8.2%，因此不少学者称肝硬变是肝癌的重要癌前病变。故应高度重视肝硬变的预防和积极治疗，并对肝硬变定期做有关检查，如发现异常，及时采取外科治疗措施。
(6)门静脉血栓形成：约有10%一15%的肝硬变患者可并发门静脉血拴形成。其原因主要与门静脉梗阻造成门静脉血流缓慢，以及门静脉内膜炎、硬化有关。如肝硬变病人突然出现剧烈腹痛、腹胀、呕吐、便血、休克等表现，则应考虑门静脉血栓形成。
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