尿路感染的诊断不能单纯依靠临床症状和体征，而要依靠实验室检查。诊断应明确致病菌、感染部位、肾功能状态及有无诱因，同时还要排除疑似疾病。 临床上，对尿路感染的诊断，许多名家有其独到的经验和见解。如中山医科大学叶任高教授报道，297例住院尿路感染病人，有症状者只占66.5%，因此，单凭临床特点来诊断尿路感染易造成误诊漏诊。他认为：临床上只要有真性细菌尿者便能诊断为尿路感染。 而南通医学院钱桐荪教授则认为，肯定诊断是要有细菌学依据的，但其临床表现也有重要参考价值，因此，他将尿路感染的诊断依据按临床上有无症状分类作了如下归纳： (1)症状性尿路感染 临床上有尿频、尿急、尿痛等尿路刺激症状，同时有下列一项指标者，诊断可以成立。 ①清洁中段尿培养菌落数≥105/mL。 ②清洁中段尿镜检白细胞数＞5/HP，且涂片找到细菌者。 ③清洁中段尿TTC试验，亚硝酸盐试验或鲎试验阳性，尿白细胞数＞5/HP。 (2)无症状性菌尿 临床上，无尿路刺激症状，必须符合下列指标之一，才能确诊。 ①连续两次清洁中段尿培养，两次菌落数≥105/mL，且为同一菌株。 ②一次清洁中段尿培养菌落数≥105/mL，尿白细胞＞5/HP。 ③耻骨上膀胱穿刺尿培养有致病菌生长或菌落数＞100/mL。 传统的诊断标准，经几十年的临床验证，认为其敏感性低而特异性高。虽然在70年代，已有少数学者对此诊断标准提出异议，到了80年代，大多数学者认为，清洁中段尿培养菌落数，作为有意义菌尿应扩大到≥102/mL至105/mL。Stamm博士等提出，有尿路刺激症状的妇女，中段尿细菌培养≥102/mL，可诊断为尿路感染，并指出此标准与膀胱穿刺标本相比，其敏感性为95%，特异性为85%。如以菌落数≥105/mL作为诊断标准，将会使50%的症状性尿感病人漏诊，而不能得到及时合理的治疗。Strand等认为，低菌落计数的所谓“急性尿道综合征”约19%～58%可发展成高菌落计数的尿路感染。在败血症病例中约26%的细菌来自尿感，在这些尿感者中尿菌落数≥105/mL者只占19%。此外，Pezzlo等和Pfaller等均认为，具有尿路刺激症状的病人，清洁中段尿菌落计数＞102/mL应视为有意义菌尿。
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