患了性病淋巴肉芽肿后，主要表现为腹股沟淋巴结肿胀、化脓，发展至晚期，可以产生许多严重的并发症。其中以直肠狭窄最为多见，尤其是女性。假如病变发生在尿道，可伴发尿道狭窄；若发生在阴道，可造成阴道狭窄，还可发生阴道与直肠之间因穿孔而形成的通道（医学上叫瘘道）及外阴毁损等严重破坏性损害。缺损的生殖器还可发生癌变。性病淋巴肉芽肿并非一开始就出现这些严重的病变，在临床上，按疾病的发展过程可分为早期（感染、原发损害和皮肤损害）、中期（淋巴管播散、伴发全身症状）和晚期。
(1)潜伏期 1—4周，一般在1周左右。
(2)早期症状 男性患者约1/3—1/2有原发损害。初为极小的疱疹、水疱或溃疡糜烂。男性多发于阴茎体、龟头、冠状沟、包皮和尿道内。女性则发生于前庭、阴唇系带、小阴唇、阴道口及尿道口周围。皮损常为单个，有时数个，边缘整齐，围有红晕，无明显症状，不痛、不痒，常被忽略，持续1—3周自愈，不留疤痕。同性恋者或性欲倒错者可表现为出血性直肠炎(脓性分泌物和填肠}出血)。直接检查可见直肠黏膜发炎、充血、局限性剥脱或肉芽组织，可导致直肠周围脓肿、直肠阴道瘘和直肠狭窄。
(3)中期症状 为腹股沟淋巴结炎。初疮出现1～4周后，腹股沟淋巴结出现肿大，约2/3的病例为单侧性，另1/3为双侧性，称为“第四性病性横痃”。淋巴结初起孤立散在，质硬性增大，有疼痛或压痛，之后常相互粘连成块状，呈浸润性，皮肤表面呈红色、紫色、紫红色和青色。由于腹股沟韧带将肿大的淋巴结分开，皮肤有皱褶，沿腹股沟呈腊肠样排列，随着疾病的进展呈现槽沟状肿大。数周后肿大的淋巴结呈现波动感，约2/3的结节在经1～2周后软化破溃，排出淡黄色浆液或血性脓液分泌物，形成多数瘘管，似“喷水壶状”，经数周或数月后而痊愈，愈后留有疤痕。约1/4的结节不破溃，于8—12周内可自然吸收，少数结节成为持久性硬化性团块。男性患者亦可累及股淋巴结和髂淋巴结，女性尚可累及髂和直肠周围淋巴结。女性很少发生淋巴结炎，因其初疮常发生于阴道下部，如经髂及肛门直肠淋巴结引流，引起髂及直肠周围淋巴结炎及直肠炎，导致腹痛和腰背痛。阴蒂和阴唇病变可与腹股沟淋巴结交通。有变态性行为者可累及其他部位淋巴结，如与感染者有口腔生殖器性行为，可发生颌淋巴结肿大，颇易考虑为淋巴瘤或何杰金氏病。出现淋巴结炎时可伴有轻重不等的全身症状，如发热、头痛、关节痛、肝脾肿大等，有时可出现皮疹，如多形红斑、结节性红斑。
在淋巴结病变发生的同时可有全身症状如发热、盗汗、周身不适、体重减轻、头痛、游走性关节痛、多关节炎、肌痛、肝和脾肿大、假性脑膜炎和结膜炎等。皮肤表现有多形红斑、结节性红斑、猩红热样皮疹、丘疹脓疱性损害和光过敏等。
(4)晚期症状 从早期到晚期的时间为1～2年，也有若干年者，主要表现为生殖器象皮肿和肛门直肠综合征。
性病淋巴肉芽肿的生殖器象皮肿是发生于本病后期的一种严重的损害。由于淋巴管慢性炎症而致阴唇、阴茎、阴囊的象皮肿，其皮肤表面可发生疣状增殖及息肉样生长，可形成直肠-阴道或尿道瘘管，形成毁形性溃疡和疤痕。
性病淋巴肉芽肿的肛门直肠综合征是本病常见的一种合并症。患病女性和男性同性恋患者可发生生殖器肛门直肠综合征。此综合征的早期系直接接种或直肠周围淋巴结炎破溃所致，肛门和直肠黏膜水肿、出血和脱落，并因之而有腹泻、里急后重、腹痛和交替性便秘。由于进行性狭窄，可出现便秘、腹痛。晚期肛门环附近发生管样或环状直肠狭窄，亦可发生直肠阴道和（或）肛门瘘，以及直肠周围脓肿。阴茎、阴囊和女阴可发生橡皮病样肿胀和溃疡。口腔生殖器性交者可发生溃疡性舌炎和淋巴结病。晚期也有癌变者。
晚期病变主要表现为全身衰弱和局部毁形，多因直肠狭窄和淋巴循环障碍所致。男性有时发生尿道瘘和生殖器水肿。女性可发生阴唇溃疡，其周围水肿和纤维性硬化，称为女阴蚀疮，也称阴部肛门直肠症侯群。女性之所以多发，是因为女性盆腔的淋巴系统解剖学特点所决定。女阴蚀疮共分两种病型，在女性病例中，此两种病型多混合发生。
(1)外阴部症侯群：本症由于长期淋巴回流障碍及溃疡形成，促使外阴部的皮肤黏膜肥厚、硬化，有如橡皮病样，大小阴唇呈橡皮样肿张。并有多数大小不等的息肉及肿瘤状增生。此外在阴道口、阴道壁及宫颈部也有同样病变，甚至尿道外口发生狭窄。如果在深部发生脓肿，可使尿道、阴道及直肠间形成瘘孔。此型在男性极为罕见，但能出现阴囊及阴茎橡皮病。
(2)肛门直肠症候群：它是由于炎症由女阴扩展到直肠周围引起直肠周围炎症，可有血性分泌物排出，之后可形成疤痕，然后直肠下端呈管状狭窄，导致排便困难或伴有肛门周围瘘管。初发病灶为肛门直肠黏膜浅在性溃疡。病变在肛门部如痔疮状隆起或瘘孔。直肠部可出现边缘隆起的溃疡及硬化，临床可见有脓血便及腹泻。感染1—2年后可出现直肠狭窄。女性直肠狭窄比男性多见。直肠下部淋巴循环障碍可导致肛周淋巴管扩张而且易误诊为痔。狭窄可发生在直肠口上方，形成环状带，或在直肠下部形成数厘米管状缩窄并伴有肠壁明显肥厚和纤维化。