乳房囊性增生症在病理上是一种结构不良的变化，一是导管的囊状扩张，形成大小不等的囊肿。囊腔大小各异，小至针尖大，大至数厘米。囊腔内含有浆液性或血性液体，色呈淡黄、黄绿或棕褐色。另一是导管有不同程度的上皮增生，小叶和小叶周围组织也有增生。本病病理虽然多种多样，但各种形态变化部反映着乳腺小叶的增生和退化，腺管和腺泡增多，腺上皮和肌上皮增生。
镜下所见，乳房囊性增生症的小叶增生可为弥散性，也可为局限性。小叶内纤维组织呈中度增生及胶原化，失去其原有的疏松状态，并可与小叶间致密结缔组织融合而使小叶境界不清。当小叶增生活跃时，上皮细胞肥大，数量增多，而使管腔变小，有时上皮细胞呈实性团块状充塞于小导管和小囊的内腔中。
末梢导管高度扩张，形成囊肿，囊壁上皮细胞可无明显变化，呈立方形或柱状。
小管上皮可正常或增生为两层以上.有的可出现分泌现象，有的则变扁或脱落，致导管扩张甚形成小囊肿，内含分泌物。间质中可有淋巴细胞浸润。
近年来，按导管上皮增生的形态.将其分成4级，以示其与癌变的关系，值得注意的是，此4级不同的形态可在同一乳房腺体中并存。
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