胆囊粘膜上皮由高柱状上皮细胞衬里，粘膜有许多皱襞，皱襞间有粘膜上皮深入至固有膜甚至肌层内，形成许多窦状的凹陷，称Aschoff窦，在该处易发生炎症或形成结石；固有层内含丰富的毛细血管；肌层和浆膜层之间有一层较厚的结缔组织，内含丰富的淋巴管、小血管和内在神经丛。
胆囊粘膜细胞具有典型的吸收型细胞的特征，具有较强的吸收和浓缩功能，同时，胆囊粘膜亦有分泌功能，分泌粘液。在有慢性炎症时胆囊粘液的分泌增加。胆囊粘膜层中，除了一般的细胞外，尚有属于神经内分泌系统分泌肽类激素(APUD系统)的内分泌细胞，其生理学上的意义尚未确定。
胆囊管的层次与胆囊壁相同，但有以下两个特点：①胆囊管近胆囊颈的一端，粘膜呈螺旋瓣样皱襞，而近胆总管的一段则内壁平滑。②胆囊管的肌纤维构成环状带，称为胆囊颈括约肌。这些特点有助于规律性地控制胆汁进入与排出。
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