肛腺是连接肛隐窝内下方的腺体，与肛隐窝相通。连接肛隐窝与肛腺的管状部分叫肛门腺导管。不是每个肛隐窝都通往肛腺，一般半数有肛腺，半数没有。肛腺的形态、数目和结构分布个体差异很大，成人约4～10个，新生儿多达50个。肛门腺导管和肛腺的走行弯曲多变，多数肛腺集中在肛管后部，两侧较少，前部缺如，因而临床所见肛瘘内口多位于肛管后部。五岁以下儿童多呈不规则分布。肛腺主要位于齿线附近的粘膜下层，部分超过齿线。约有65%的肛门腺开口与肛门腺导管在一条垂直线上，35%的不在一条垂直线上，它们向外向下可伸延入内括约肌和联合纵肌层。肛腺的功能是分泌多糖类粘液，润滑粪便，保护肛管。
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