祖国医学对于睡眠的产生机理是基于阴阳学说的原理而认识的，其主要有阴阳学说、卫气运行学说和神主学说三种观点。
(1)阴阳学说：阴阳学说认为，睡眠和醒觉的生理活动，是人体的阴阳消长出入变化所产生的。《素问· 阴阳应象大论》说：“阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之府也。”阴阳是自然界的规律，中医有关睡眠的理论，离不开阴阳学说的统摄。
自然界的阴阳变化，具有日节律，人体阴阳消长与其相应，也有明显的日节律。《素问· 金匮真言论》说：“平旦至日中，天之阳，阳中之阳也；日中至黄昏，天之阳，阳中之阴也；合夜至鸡鸣，天之阴，阴中之阴也；鸡鸣至平旦，天之阴，阴中之阳也。故人亦应之。”天地阴阳的盛衰消长，致一天有昼夜晨昏的节律变化，人与自然相应，故人体的阳气亦随之有消长出入的日节律运动。平旦，人体阳气随外界阳气的生发由里外出，人起床活动；中午，人体阳气最盛；黄昏，阳气渐消；入夜则阳气潜藏于内，人就上床休息。阳入于阴则寐，阳出于阴则寤。《灵枢· 口问》篇说：“阳气尽，阴气盛，则目瞑；阴气尽，而阳气盛，则寤矣。”阴主静，阳主动；阳气衰，阴气盛，则发生睡眠；阳气盛，阴气衰，人即醒觉。这种阴阳盛衰主导睡眠和醒觉的机制，是由人体阳气出入运动来决定的。
(2)卫气运行学说：睡眠的卫气运行学说包括于阴阳学说之内，阴阳学说中阳气消长出入，指的就是卫气。卫气运行学说认为：由于卫气运行于阳经而醒觉，运行于阴经及五脏而发生睡眠。
卫气来源于水谷精气，营运不休，属人体阳气的范畴。《灵枢· 营卫生会》篇说：“人受气于谷，谷入于胃，以传于肺，五脏六腑，皆以受气。其清者为营，浊者为卫；营在脉中，卫在脉外，营周不休，五十而复大会。阴阳相贯，如环无端。”卫气运行的规律是：白天运行于阳经之外二十五周，夜间运行于阴经及五脏二十五周。平旦时，卫气出于目，循足太阳经、手太阳经、足少阳经、手少阳经、足阳明经、手阳明经之外运行，再从手阳明经入掌中，足阳明经入足心，行阴分至目，为一周；夜间卫气运行于阴经及五脏，如《灵枢· 卫气》篇说：“阳尽于阴，阴受气矣。其始入于阴，常从足少阴注于肾，肾注于心，心注于肺，肺注于肝，肝注于脾，脾复注于肾为周。”以肾、心、肺、肝、脾五行相克的顺序周行。白天卫气行于阳，人体阳气盛于外，温煦周身，卫外而为固，人寤而活动；夜间卫气运行于阴经及五脏，人卧寐休息。卫气通过阴阳跷脉，来司目的闭睁。由于卫气昼夜运行的规律，使人体出现寤与寐的不同生理活动。
(3)神主学说：睡眠的神主学说认为，睡眠和醒觉由神的活动来主宰。正如张景岳所说：“盖寐本乎阴，神其主也。神安则寐，神不安则不寐。”
中医所说的神是指人体生命活动的外在表现，又指人的精神、意识、思维活动。《灵枢· 本神》篇说：“生之来谓之精，两精相搏谓之神。”神随先天之精而生，孕育于父母，分为神、魂、魄、意、志五种，分藏于五脏，主宰于心。《灵枢· 邪客》篇说：“心者，五脏六腑之大主也，精神之所舍也。”心主神明，统摄协调五脏，主持精神意识和思维活动。神在人体具有重要的地位，神充则身强壮，神衰则身虚弱。神的活动，具有一定的规律性，随自然界阴阳消长而变化。白天属阳，阳主动，故神营运于外，人寤而活动；夜晚属阴，阴主静，故神归其舍，内藏于五脏，人卧而寐则休息。《血证论》说：“寐者，神返舍，息归根之谓也。”又说：“肝藏魂，人寤则魂游于目，寐则魂返于肝。”神安静守舍则能寐，若神不能安其舍，游荡飞扬，则会出现不寐、多梦、梦游、梦语等病症。
中医睡眠的三个学说，相互关联，共同组成了中医睡眠的理论体系。睡眠的阴阳学说是中医睡眠理论的总纲领，揭示了睡眠与醒觉的基本原理；卫气运行学说是阴阳学说的具体化，揭示了睡眠的运动本质；而神主学说则突出了中医的整体睡眠观，揭示了睡眠是人体的生命活动形式。现代医学关于睡眠有抑制扩散学说、中枢学说、睡眠物质三大学说，随着脑科学、细胞生物学和分子生物学等学科的进展，各学说还不断蕴蓄证据，与时俱新。《黄帝内经》的三种学说虽与现代研究未尽合拍，但别具意蕴，能裨实用，并有三个特点：
一是认识到睡眠—觉醒时序与大自然的昼夜交替的统一性，人体营卫之气昼夜循行五十周，至夜营卫都会于阴，营卫相会时人入睡，叫做“合阴”。五十营为日周期，是人体生命节律之一。其二是指出失眠发生机制的多元性，可从不同脏腑论治睡眠障碍。以失眠为例，在卫气行于五脏六腑之时，不论哪一环节，只要发生卫气“不得入于阴则气虚，故目不瞑矣。”还明确指出：“夫卫气者，昼日行于阳，夜行于阴，故阳气尽则卧，阴气尽则寤。”以此，五脏六腑之阴虚以及营气不足都可以导致失眠。其三是在2000多年前就把睡眠和体质、免疫功能联系在一起，《灵枢·大惑论》指出，睡眠还与肠胃的大小和体质有关，说肠胃大者多卧，肠胃小者少眠，痰湿偏盛体质者因气机不畅而多寐，阳气偏盛体质因气机流畅，卫气留于阳也，久而睡眠少。饶可相契的是，近年来美国哈佛大学的研究者在结肠壁的巨细胞中，发现了引发睡眠的睡眠因子——胞壁酸，它既能促进睡眠，又有免疫功能。
当进食后，胞壁酸分泌增多而有睡意，同时还可以解释患流感和麻疹病人嗜睡的原因，此系胞壁酸分泌增加，睡眠也随之增加，吞噬细胞活跃，免疫功能和肝解毒功能增强，体内代谢速度加快，从而提高机体抗病能力，睡眠有益机体生长。《黄帝内经》不仅把睡眠归于有免疫功能的卫气，更用营卫循环的机理奠定了睡眠理论。
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