心理咨询的方式一般分为门诊咨询、院内咨询、信件咨询、专栏咨询，此外，还有电话咨询等。
(1)门诊咨询：综合性医院医学心理门诊咨询应定期开诊，每周一次或几次。为了有充分时间会谈，使咨询更有成效，每次门诊人数应有一定限额。如来访者过多，可实现预约登记、限额挂号办法。由于心理问题的特殊性，咨询的医务人员应负责对来访者所谈问题保密，但咨询记录必须完整、真实。
(2)院内咨询：内、外科或其他科病人出现心理问题如拒绝治疗、伴发抑郁或焦虑，乃至发生脑器质性综合征时，可以提请院内医学心理咨询。也可在综合性医院内建立由医院心理咨询医师、精神科医师、心理学工作者和其他医师组成的“联络咨询组”，一起研究处理病人的心理问题。
(3)信件咨询与专栏咨询：在报纸、期刊上开设专栏，对要求咨询的来信选择有典型意义、适合刊登的心理问题加以答复，这对于普及心理卫生知识有积极作用。有些来信也可给予个别答复。
(4)国外为了处理自杀危机或其他心理危机，还有电话咨询，医生常对来访者给予劝告或建议，约定时间门诊复查，以协助来访者渡过危机。我国的情况和他们不同，这类情况常被送到精神科急诊处理。
(5)访问咨询：指咨询医师到学校、工厂作现场观察与调查，找出问题，提供心理卫生的建议。
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