临床灌肠的目的有两方面：一方面是用于治疗，多采用保留灌肠，其主要适用于无严重肛周疾患、无严重直肠占位性病变及无直肠内出血倾向的便秘、慢性肠炎、慢性溃疡性结肠炎及慢性肾功能衰竭；另一方面是用于检查，多采用清洁灌肠，主要用于纤维结肠镜检查前及胆道造影检查前作肠道清洁工作，以提高检查效果。
用于治疗便秘时用西药导泻剂或中药如大黄30克或番泻叶20克煎100毫升作保留灌肠，使药物直接进入肠道而直接对肠道发挥作用，促进肠道蠕动，从而引起排便。用于治疗慢性肠炎或慢性溃疡性结肠炎多采用中药儿茶8克，地榆30克，川连9克，浓煎取汁150毫升作保留灌肠；或用庆大霉素15万单位，氟美松10毫克，用注射用水稀释约150毫升作保留灌肠，通过灌肠使药物直达病所，比内服或注射治疗作用快，而且疗效提高。用于治疗慢性肾功能衰竭亦多采用中药生大黄30克，槐花30克，煎成150毫升作保留灌肠，疗效颇佳，不但能改善症状，降低尿素氮，而且能减少透析的次数，延长患者的寿命。
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