适应症有：①便血原因待查；②排便异常，如慢性腹泻或长期进行性便秘；③X 线钡剂灌肠检查结果阴性，但有明显的肠道症状，尤其疑有恶变者，或X线钡剂检查异常，但不能定性者；④乙状结肠镜检查未发现病变或病变性质未明者；⑤腹部包块，尤其下腹部包块需明确诊断者；⑥不明原因的消瘦、贫血；⑦结肠切除术后，需要检查吻合口情况者； (8)需行结肠腔内手术、激光治疗者，如结肠息肉切除术。
禁忌症有：①肛门、直肠有严重的化脓性炎症，或疼痛性病灶，如肛周脓肿、肛裂。②各种急性肠炎、严重的缺血性疾病及放射性结肠炎，如细菌性痢疾活动期、溃疡性结肠炎急性期，尤其暴发型者； ③妇女妊娠期，曾做过盆腔手术及患盆腔炎者，应严格掌握适应症，慎重进行，妇女月经期一般不宜做检查；④腹膜炎、肠穿孔、腹腔内广泛粘连以及各种原因导致的肠腔狭窄者； ⑤肝硬化腹水、肠系膜炎症、腹部大动脉瘤、肠管高度异常屈曲及癌肿晚期伴有腹腔内广泛转移者；⑥体弱、高龄病例以及有严重的心脑血管疾病，对检查不能耐受者，检查时必须慎重。小儿及精神病患者不宜施行检查，必要时可在全麻下施行。
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