(1)慢性细菌性痢疾：常有急性细菌性痢疾病史；抗菌治疗有效；粪便培养可分离出痢疾杆菌；结肠镜检查时取粘液脓血培养，阳性率较高。
(2)慢性阿米巴肠炎：病变主要侵犯右侧结肠，亦可累及左侧结肠，有散在性溃疡，溃疡较深，边缘潜行，溃疡间的粘膜多为正常，粪检可找到阿米巴的滋养体或包囊，通过结肠镜采取溃疡面渗出物或溃疡边缘处的活体找到阿米巴，阳性率较高。
(3)其他：血吸虫病及其他病原体和沙门菌属。肠道致病性大肠杆菌、产气荚膜杆菌、病毒等引起的肠道感染，大都可通过粪检或培养找到病原体，相应的抗菌或抗原虫治疗有效。
(4)克隆病：腹痛、腹泻、发热等临床症状与溃疡性结肠炎频为相似。克隆病变主要侵犯回肠末端，腹痛多位于右下腹或脐周，里急后重少见，粪便中常无粘液脓血。腹部肿块、瘘管形成、肛门及直肠周围病灶较多见；X线钡剂造影检于回肠末端可见线样症；乙状结肠镜检查多为正常，若累及直肠或结肠时，可见病变部分粘膜呈卵石样隆起，有圆形、纵形或匐行性溃疡，多无渗出性或接触性出血，病变呈节段性分布，粘膜活检对本病诊断有意义。
(5)肠结核：溃疡性肠结核者，多有肺和其他原发结核病灶，多在结肠右侧，便血少见，常见有结核性的病理特征及临床表现，粪检结核杆菌阳性，正规抗结核治疗效果较好。
(6)直肠结肠癌：见于中年以上，多于肛门指诊时触到肿块，脱落细胞学、结肠镜及X线钡灌肠检查对鉴别诊断有意义，活检可确诊。但结肠癌与结肠炎可并存。
(7)过敏结肠炎：多伴肠外神经官能症性症状；本病多有持续性或反复发作性腹泻，粪便可有粘液，但无脓血，常规检查除稀便或不成形外，无特殊病理成分。结肠镜和X线钡灌肠检，可见结肠激惹性增加，但无器质性病变。需长期观察，除外消化系统及消化系以外的有关疾病后才能诊断。
(8)放射性肠炎：有肠道炎变，溃疡形成，硬化性变，狭窄或坏死等。患者均有腹腔脏器接受放射病史可资鉴别。
(9)缺血性肠炎：多见老年，由动脉硬化引起。可突然起病，下腹痛伴呕吐，24～48小时后出现腹泻、发热、白细胞增多。病重者肠坏死穿孔易致腹膜炎。轻者为可逆性过程，1～2周至1～6个月时间可治愈。钡灌肠X线检时，可见指压痕征、假性肿瘤、假性憩室、肠壁的锯齿状改变及管腔纺锤状狭窄等。内镜下粘膜出血造成的暗紫色隆起，粘膜的剥脱出血及溃疡等可保持与正常粘膜的明显分界。病变在结肠脾曲处者较多。
(10)结肠粪性溃疡：为坚硬粪块充塞结肠而引起的肠粘膜溃疡和出血。鉴别体征：便秘、体虚、长期卧床、脱水及常用导致便秘的抗酸药，如氢氧化铝或碳酸钙等。肛检或乙状结肠镜检多见坚硬粪块。病人常有便意而排不出粪或排不尽。
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