正常大肠内每克粪便中含107～1012个微生物，在大便正常菌谱中，常住菌占90%以上，其中普通大肠杆菌与肠球菌各占一半，过路菌(如类大肠杆菌、产气杆菌、变形杆菌、绿脓杆菌、肺炎杆菌)不超过10%，芽胞菌与酵母菌虽也称为常住菌，但数量不超过总菌数的10%。各菌群间按一定比例组合，互相制约，互相依存，在质和量上形成一定的生态平衡。若机体的内外环境发生某些变化，导致过剩菌(包括过路菌、芽胞菌、酵母菌)繁殖显著超过正常值的40%以上，则引起肠道食物的分解紊乱，而出现肠菌群失调症状，临床上表现为急性或慢性腹泻。
婴幼儿发病为成人的3～10倍，全身衰竭、营养障碍和维生素缺乏、广谱抗生素的长期应用、急性感染、激素治疗、X线照射及大面积烧伤等为肠菌群失调的发病诱因。
菌群失调所致腹泻有如下特点：
(1)如肠内有碳水化物的异常分解，则表现为发酵性消化不良，大便呈水样或糊样，多泡沫，呈酸性反应，每日数次至十数次，伴有肠鸣、腹胀与排气增多；如为成形便，则大便成堆，多泡沫，状如发酵的面团。大便镜检可发现大量未消化的淀粉团，用卢戈氏液可染成深蓝、蓝色、棕红等不同颜色；此外，卢戈氏液又可染出大量嗜碘性细菌(酪酸梭状芽胞菌、链状球菌)，证明这些细菌的存在有重要诊断意义。
(2)某些小儿体内缺乏蔗糖酶、麦芽糖酶和转化酶，以致不能将双糖类食物分解、吸收。双糖类食物在小肠内积聚过多，因细菌繁殖与酵解作用引起腹泻，其大便中乳酸含量增高，可有轻度脂肪泻，停给双糖类食物后病情好转。
(3)如肠内有蛋白质异常分解，则表现为腐败性消化不良，大便溏，呈碱性反应，黄棕色，有特殊臭味(硫化氢)。
在生活中，如有以上腹泻特点，并有引起本病的诱因，大便涂片染色证实有过剩菌显著繁殖，经消除过剩菌和修复正常菌群的治疗后，腹泻及其他消化不良症状随之缓解，据此可确诊为菌群失调性腹泻。
另外，菌群失调严重者可引起葡萄球菌性肠炎、肠白色念珠菌病，甚至真菌性败血症。
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