在嗜盐菌性食物中毒的流行季节，根据进食可疑食物(如腌制品、海产品)、集体发病、潜伏期短而起病急骤、发热和腹痛均较其他肠道传染病为严重、腹泻物呈血水样、失水多见等特点，应怀疑为本病。若疾病早期从粪便中分离出嗜盐菌，或(及)病期1～2天病人血清对嗜盐菌凝集效价增高(1∶80～320)，则可进一步确诊。
菌痢型嗜盐菌性食物中毒易与细菌性痢疾混淆，可从以下几个方面加以区别：①前者可有集体发病史，可疑食品常为蟹、鱼等海产品；②前者腹痛较剧，一般多在脐周，很少有里急后重，发热一般不如后者严重，但失水现象较后者多见，而后者腹痛多在左下腹或中下腹。
本病伴有血水样便时，须与急性出血性坏死性肠炎或过敏性紫癜相鉴别。急性出血性坏死性肠炎为散发性，腹痛较为严重，中毒性休克较常见，左上腹或左中腹常有比较固定的压痛与肌紧张，肠鸣音常减弱；过敏性紫癜除血性便与腹痛之外，常有皮肤紫癜与血中嗜酸粒细胞增多，也可有关节痛。
本病粪便呈黄水样者，须与沙门氏菌属或其他细菌所致的食物中毒、霍乱、败血症、中毒性肺炎等区别。其他细菌性食物中毒并发休克者较少；霍乱病人的失水现象较嗜盐菌性食物中毒严重，腹痛次数也较多，大便量多，呈米泔水样，腹痛轻微或无，常无发热；败血症或中毒性肠炎伴休克者，腹泻一般不严重，很少有剧烈的腹痛。
为了避免本病的发生，日常生活中应注意以下几点：①动物性食品应煮熟煮透后再吃；②隔餐的剩菜，食前应充分加热；③防止生熟食物操作时交叉污染；④梭子蟹、蟛蜞、海蜇等水产品宜用饱和盐水浸渍保藏(并可加醋调味杀菌)，食前用冷开水反复冲洗。
本病发生后，应给予积极的支持疗法及对症治疗。腹痛者给予解痉剂；有失水现象者可口服世界卫生组织推荐的补液盐(ORS)，或输入适量的生理盐水及葡萄糖盐水，以纠正失水；血压下降者，除补充血容量、纠正酸中毒等外，可酌情应用血管活性药物。轻症患者可不用抗菌药物，较重者可给复方新诺明、庆大霉素或氟哌酸等。
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