慢性肾盂肾炎若长期不愈、反复发作，最后将会导致慢性肾功能衰竭，即尿毒症；反过来，得了尿毒症的病人，如继发肾感染，又成为加剧尿毒症的因素。临床上往往见到这样的情况，一旦肾感染得到控制，尿毒症症状往往可减轻，称之为可逆因素。尿毒症合并肾感染，治疗上相当棘手，原因是：①尿毒症病人，肾脏血流量减少，抗菌药在肾组织内达到有效浓度所需的时间长，故细菌易于产生耐药性。②尿毒症并发肾感染的致病菌常常是在住院期间得病，因而抗药菌株多。③在使用抗菌药物时矛盾多，譬如：尿毒症时，为了避免全身药物中毒，常常减量使用抗菌药物，但减量以后，抗菌药在肾脏内浓度又不易达到灭菌水平，故疗效差。④尿毒症时，有许多具有肾毒性抗菌药需慎用或禁用，例如：多粘菌素、粘菌素、卡那霉素、链菌素、万古霉素等肾毒性较强应慎用。四环素类药会加重氮质血症，呋喃口旦啶在肾功能衰竭时使用易引起神经炎等毒性症状，故在尿毒症时不宜使用。⑤尿毒症病人因患者药物排泄功能减退，如果疗程长，易蓄积中毒。有些人治愈心切，长期不间断地服药，这样不但达不到目的，而且导致耐药性细菌的侵入，甚至引起2 种以上细菌混合感染，反而给治疗上带来更大的困难。
近年来，由于新型抗菌药物不断问世、治疗方案的不断更新，慢性肾盂肾炎的临床治愈率有所增加。国内几组综合报告，经过6周正规抗菌治疗后，能消灭菌尿者达31%～42%。同时，慢性肾盂肾炎伴有畸形、梗阻、膀胱输尿管返流者手术成功率也在提高，一组147例慢性肾盂肾炎病例中，有49例病史超过13年以上者，目前尚未进入尿毒症期。总之，慢性肾盂肾炎反复发作，长期不愈，最后是要引发尿毒症的。但是，经过正规抗菌治疗，并及时纠正尿路畸形、梗阻等因素者，是可以获得临床治愈的。
值得一提的是，在慢性肾功能衰竭患者中，约有20%是从慢性肾盂肾炎发展而来的，因此，对慢性肾盂肾炎应引起高度的重视。但除慢性肾盂肾炎外，一般尿路感染是不会发展成慢性肾功能衰竭的。即使是肾盂肾炎、膀胱炎反复发作，若没有尿路异常，如尿路梗阻、膀胱输尿管返流等存在，发展成慢性肾衰的可能性也极小。
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