(1)核磁共振主要靠氢原子核成像，对梗塞区水肿的改变较敏感，故可较早地显示梗塞灶。一般在发病后1～2小时，作核磁共振检查，就可显示信号较强的病变特征。而CT却往往需等24小时才能显影，过早检查常为阴性。
(2)核磁共振对腔隙性脑梗塞显示优于CT。CT只能进行横断面扫描，核磁共振不但能从横断面上，还能从矢状面、冠状面上显示病变，所以，对于在10毫米以下的腔隙性脑梗塞CT往往无能为力，而核磁共振对直径2毫米以下的病灶即可显示。
(3)CT难以显示后颅窝，尤其是脑干病变，而核磁共振对检查后颅窝的脑梗塞，具有重要意义，正好填补了CT的不足。
(4)对脑出血伴梗塞的病灶，核磁共振比CT灵敏度高。
(5)在脑出血的亚急性期，CT呈现等密度或低密度影，诊断困难；而核磁共振可显示血肿特征性形态。
(6)对于脑动脉瘤和血管畸形，核磁共振诊断高于CT。CT需要靠注射碘剂方能显示，而核磁共振不仅能清楚地显示病变的部位和范围，而且不需要注射药物显示，这给显影剂过敏者，带来了极大的方便。
(7) CT是利用X线成像，对人体有一定损害，核磁共振是利用电磁场成像，对人体不产生不良反应。
总之，可以这样认为，核磁共振对诊断缺血性脑血管病较敏感，不仅发现病灶早，而且对小梗塞灶，尤其对脑干和小脑梗塞灶的诊断，是CT不能替代的。但CT对出血性脑血管病诊断较敏感，而且较省时省钱，尤其是对意识障碍者更为适用。
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