长程疗法在治疗甲亢时占有重要地位。在治疗中使用硫脲类药物可分为三个阶段，即症状控制阶段、减药阶段和维持阶段。
① 症状控制阶段(也称初治阶段)：此阶段约需1～3个月，症状严重、甲状腺肿大较显著的病人，剂量宜大，以求尽快控制症状。甲基或丙基硫氧嘧啶300～600毫克/日或他巴唑、甲亢平30～60毫克/日，分3～4次服用。症状较轻、甲状腺肿大不明显以及突眼明显又合并妊娠者，剂量宜小，即甲基或丙基硫氧嘧啶200～300毫克/日，或他巴唑、甲亢平20～30毫克/日，均 3～4次分服。如剂量适当，甲亢症状可在1～3月内逐渐控制，平均基础代谢率每日可下降1%左右。如3个月尚无改善，应检查有无其他因素影响，如病人未按时服药、曾服用碘剂、感染或精神应激等。当症状明显缓解时(心率80～90次/分钟，体重增加，基础代谢率较前明显下降，血T4、T3水平降至正常)，甲亢控制，治疗应进入减药阶段。
② 减药阶段：此阶段每天药物用量较症状控制期减少1/3到1/2，要间断递减，不宜过快，以保持甲状腺功能正常及稳定为度。因个体差异较大，在减药过程中，应定期随访，注意检查基础心率、体重，以及白细胞、T4等，必要时测促甲状腺激素。减量期可2～3 周减量一次，甲基或丙基硫氧嘧啶每次减50～100毫克，他巴唑或甲亢平每次减5～10毫克，最好使甲状腺功能维持在正常稍偏低的水平，且症状缓解即进入维持阶段。③ 维持阶段：即每日服甲基或丙基硫氧嘧啶50～150毫克，或他巴唑或甲亢平5～15毫克，至少持续治疗一年以上。当甲状腺功能正常，腺体缩小，杂音消失后，可再逐渐减量直至停药，且忌停药过早。在不稳定而又不愿采用其他方案者，维持阶段可延至2～3年或更长。
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