慢性肾炎与慢性肾盂肾炎的后期鉴别比较困难，可从以下几点进行鉴别：
(1) 病史方面：有泌尿系感染病史，如尿频、尿痛、腰痛等症状，有助于慢性肾盂肾炎的诊断。
(2) 反复尿检查：如尿白细胞增多明显，甚至有白细胞管型，尿细菌培养阳性，有助于慢性肾盂肾炎的诊断，而慢性肾炎以尿中反复出现尿蛋白为主。
(3) 静脉肾盂造影时如发现肾有疤痕变形，呈杵状扩张，或肾影两侧不对称；放射性核素肾图检查，双侧肾功能损害差别较大(以一侧为甚)，均提示慢性肾盂肾炎。
(4) 当慢性肾炎合并感染时，用抗生素治疗后尿改变和氮质血症虽也会好转，但慢性肾炎的症状仍然存在，而慢性肾盂肾炎则症状会基本消失，可作鉴别。
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