某些躯体疾病在发病过程中可引起一系列生理、生化的改变，导致大脑广泛的机能病变，从而出现精神障碍。导致大脑机能改变的因素较多，而且一般不是某一种因素所造成的，常见的因素有：
(1)脑缺氧：①全身性缺氧，即输送氧的血红蛋白量减少，如贫血；②低氧性缺氧，在低氧血症时，导致吸氧不足，如肺性脑病；③充血性缺氧，见于脑血流减少，如急剧低血压，心脏病等；④代谢性缺氧，由于自体代谢中毒，则不能供氧或耗氧，如肝昏迷、低血糖性昏迷、糖尿病性昏迷等。
(2)脑血流障碍：脑血流减少可直接影响脑功能而发生障碍。如某些感染性疾病，可导致脑水肿而引起脑循环障碍，心功能不全、低血压等也可导致脑血流量减低。
(3)水、电解质代谢障碍：钾、钠、氯、钙、镁的增高或降低均可引起脑机能障碍。如尿毒症、失血性贫血、发烧、多汗、脱水及大剂量激素治疗时，均可导致水、电解质平衡紊乱。
(4)酸碱平衡障碍：血液的酸碱平衡障碍均可导致脑功能紊乱。如过度呼吸时的呼吸性碱中毒，肝脏疾病时的代谢性碱中毒，慢性肾功能衰竭和糖尿病时的代谢性酸中毒，均可诱发精神障碍。
(5)中间代谢产物的蓄积：体内中间代谢产物的蓄积的吸收，可改变脑机能，引起意识障碍和精神症状。如肝脏疾病、门脉性肝病时的氨和低脂酸的增高；肾功能不全时的尿素、尿酸、胍类化合物酸增高；糖尿病时的酮体增高等。
(6)微生素毒素：细菌和病毒所产生的毒素侵入脑细胞，可引起精神障碍，但有些毒素对中枢神经有较大的亲和作用，如伤寒、流感等出现精神障碍较多。
(7)高热：高热对脑细胞和脑血管直接发生有害的影响。如肺炎高热时，出现的热性谵妄。
(8)维生素缺乏：躯体疾病在长期病程中，常可发生的代谢障碍，消化和营养的不足。如多种维生素B或烟酸缺乏，常出现全身细胞代谢，特别是脑细胞碳水化合物代谢的障碍，因而导致精神障碍。
(9)神经介质改变：多巴胺、去甲肾上腺素、5-羟色胺、肽类等神经介质的变化，可与躯体疾病有关。如多巴胺对肝昏迷有短暂的苏醒作用，情绪反应、意识清晰度和睡眠等与多巴胺、5-羟色胺有密切关系。
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