克隆病是贯穿肠壁各层的增殖性炎变，并侵犯肠系膜和局部淋巴结。粘膜面典型病变有以下四种：
(1)溃疡：早期为浅小溃疡，后成纵行或横行的溃疡，深入肠壁的纵行溃疡形成较为典型的裂沟，沿肠系膜侧分布。肠壁可有脓肿形成。
(2)卵石状结节：由于粘膜下层水肿和细胞浸润形成的小岛突起，加上溃疡愈合后纤维化和疤痕的收缩，使粘膜表面似卵石状。
(3)肉芽肿：多见于粘膜下层，但肠壁各层以及肠系膜、局部淋巴结，甚至肝脏、骨骼和肌肉均可出现。肉芽肿大小不一，少数微小型肉芽肿直径小于200μm，肉眼不易发现。肉芽肿由类上皮细胞组成，常伴郎罕巨细胞，但无干酪样变，有别于结核病。肠内肉芽肿系对炎症刺激的反应，并非克隆病独有，且20%～30%病例并无肉芽肿形成，故不宜称之为肉芽肿性肠炎。
(4)瘘管和脓肿：肠壁的裂沟实质上是贯穿性溃疡，使肠管(段)与肠管(段)、肠管(段) 与脏器或组织(如膀胱、阴道、肠系膜或腹膜后组织等)之间发生粘连和脓肿，并形成内瘘管。肠管(段)如穿透肠壁，经腹壁或肛门周围组织而通向体外，即形成外瘘管。外瘘管有一个较深的窦道，深入远离皮肤的肠道病变部位。
克隆(Crohn)病的病理变化可分为急性炎症期、溃疡形成期、狭窄期和瘘管形成期(穿孔期)。本病的病变呈节段分布，与正常肠段相互间隔，界限清晰，呈跳跃区的特征。急性期以肠壁水肿、炎变为主，慢性期肠壁增厚、僵硬，受累肠管外形呈管状狭窄，肠管狭窄上端可见肠管扩张。
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