文献报道内镜乳头括约肌切开术(ESPT)并发症发生率为7%～15.2%，死亡率为1%～1.12%。常见的并发症有：
(1)十二指肠穿孔。穿孔主要因ESPT乳头切口过长及用网篮取石时发生。所以最好的预防方法是尽量不要作乳头大切开，提倡中、小切开。对于较大的结石应在ESPT的同时，使用机械碎石网篮将结石粉碎后拉出。穿孔后部分病人可经保守治疗后痊愈，但对病情重者应尽早手术处理。
(2)乳头部出血。出血最常见的原因是电刀切割时太快，电凝不完全，血管未能完全凝固所致。故在ESPT时，除应使用电切、电凝混合电流外，切开速度不能太快。一旦发生乳头部出血，可先用副肾上腺素盐水局部喷洒。若出血仍不停止，则可用球形电凝器电凝止血，一般经上述处理后均能奏效。对于ESPT当时未见出血，而在术后1至数天出现便血或呕血者，可先用止血药物保守治疗，如无效则应及时在内镜下电凝止血。
(3)急性化脓性胆管炎。因ESPT后结石嵌顿在胆总管末端所致。出现该并发症时，应及时在内镜下用机械碎石网篮将结石粉碎后拉出，以解除胆道梗阻，也可临时放置鼻胆引流管或胆道内支撑引流管。
(4)急性胰腺炎。ESPT后发生急性胰腺炎的原因与发生急性胆管炎的机制相似，主要与乳头切口结石嵌顿等胆源性因素有关。一旦发生可用机械碎石网篮粉碎结石后取出。症状较重者应尽早手术。
(5)后期并发症。主要有逆行性胆管炎、逆行性胰腺炎、十二指肠乳头或胆道末端术后狭窄、胆总管再发生结石及胆囊结石形成、胆道蛔虫嵌顿等。
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