髓核化学溶解疗法治疗腰椎间盘突出症取得一定疗效的同时，也产生了一些并发症，其并发症的发生率据统计为2%～3%左右。
(1)过敏反应。过敏反应是此疗法最重的并发症，多发生于女性。过敏的第一个表现就是毛发运动反应，其它症状还有头晕、恶心、皮疹等。严重者出现支气管痉挛、低血压等。出现过敏反应时，应即刻静脉输入1：10000肾上腺素0.05～0.1m1。反应发作时抬高下肢，有利于下肢血液回流。术后可口服强的松10mg每日三次，共服四天。
(2)感染。可能发生化脓性椎间盘炎或无菌性椎间盘炎。前者可抗炎治疗，后者则发生原因不明，表现为腰背痛和椎间隙变窄。
(3)烧灼样神经痛。穿刺针损伤神经根和神经鞘膜，可能使药液通过损伤部位渗入神经纤维，引起化学刺激。
(4)继发性椎间孔或椎管狭窄。一些病人在治疗后椎间隙明显变窄，导致椎间孔变小压迫神经根。由于椎间隙减小，硬膜外结缔组织形成，可能引起局部椎管狭窄。所以，此种疗法的远期疗效不如近期疗效，一部分患者经治疗后症状缓解，但一段时间后会再次复发腰腿痛。
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