一般认为肛瘘是肛门直肠周围脓肿的后遗症。而肛门直肠周围脓肿95%是因肛门腺感染引起，大致引起的原因有以下几种：
(1)肛门周围脓肿：主要因污染粪便滞留肛隐窝，引起肛腺炎，导致肛门周围脓肿，是肛瘘形成的主要原因。
(2)直肠肛门损伤：外伤、来自消化道的骨性异物、金属、肛表及肛门窥器检查损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起肛门周围脓肿。
(3)肛裂：肛裂反复感染，可引起皮下瘘，也可引起肛腺炎。
(4)会阴部手术：内痔注射过深或手术后感染，产后会阴缝合后感染，前列腺、尿道手术后感染等，均可波及肛门直肠引起脓肿及瘘。
(5)结核：吞咽细菌或少数血行感染，均可引起结核性肛瘘。
(6)溃疡性大肠炎：可引起肛瘘。
(7)克隆氏病：可伴有肛瘘。
(8)直肠肛管癌：常伴发肛瘘。
(9)血行感染：如糖尿病、白血病、再生障碍性贫血等，因机体抵抗力下降，常可血行感染引起肛瘘。
(10)其他：淋巴肉芽肿，放线菌病，尾骶骨骨髓炎，直肠、乙状结肠憩室炎等也可引起肛门周围脓肿、肛瘘。
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