人体有些结构十分隐蔽，例如人的生命中枢——脑干，小脑位于脑的深部，有厚实的颅骨保护，又如脊髓全部位于椎骨组成的椎管内，再如胸腔内的纵隔，内有气管、食管，诸多动脉、静脉、神经等通过，心脏位于其中，结构十分复杂。肿瘤若长在这些部位，用ct等检查方法就很难发现，mri检查的好处就在于胜过ct一筹，能直接显示这些部位的肿瘤。
mri对软组织(指肌肉、神经、脂肪等组织)的分辨本领大，故善于发现早期肿瘤。例如听神经瘤(长在听神经上的肿瘤，影响听力造成耳聋)，早期长在内耳道内，直径只有几毫米，用一般方法是很难查出的，mri却有显示这些小瘤的本领，如果在早期，采用显微手术摘除，就可以保全听力，避免日后肿瘤长大压迫其他神经和脑干。又如有位继发性癫痫的病员，几次ct检查均未发现病灶，最后作mri检查，发现大脑顶叶有一直径不到1cm的转移瘤。
以前要确诊心脏的肿瘤总要大动干戈，在大血管内插入导管，注射大量造影剂，有一定的痛苦和危险。用mri可直接显示检查，不必插管、造影，既安全、简便，又可靠。
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