现代医学认为，感染是引起肛门直肠周围脓肿的主要原因，而外伤、肿瘤等也能导致肛门直肠周围脓肿。
①感染因素：首先两个肛门直肠周围感染，譬如，肛窦炎引起的肛门周围脓肿、肛裂感染、痔感染、会阴部手术感染(痔注射或手术后感染，产后侧切后感染，前列腺、尿道手术后感染等)、尾骶骨骨髓炎或结核等。
其次为肛门周围皮肤的疾患，诸如，化脓性汗腺炎、毛囊炎、肛门腺炎、蜂窝组织炎、粉瘤、尖锐湿疣、平滑肌瘤、血管瘤感染等。
另外，结核病、溃疡性大肠炎、克隆氏病、糖尿病、白血病、再生障碍性贫血等全身疾病也能引起肛门直肠周围脓肿。
②外伤因素：枪弹贯通伤、刀等锐器刺伤、直肠肛门内异物损伤等。
③肿瘤：肛管直肠癌破溃或波及深部、平滑肌瘤、血管瘤、脂肪瘤等感染，骶骨前畸胎瘤等。
④其他因素：性病性淋巴肉芽肿、放线菌病、直肠憩室炎等感染。
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