在治疗前要除外蹄铁形肛门直肠周围脓肿及由之而来的肛瘘，除外糖尿病、结核病等，然后进行恰当的治疗。
①初期急性：局部热敷，以酒精擦涂患处皮肤，口服抗生素或磺胺药，改善症状，消散硬结。若硬结不能消散，可切除硬结及周围皮肤及皮下组织，缝合伤口。若化脓，则待炎症消散后，切除瘘管，作伤口缝合，防止复发。
②慢性弥漫：应作根治手术，切除所有窦道、瘘管、变硬的皮肤和皮下组织，包括周围正常皮肤和深部正常组织，以免影响伤口的愈合。
对伤口过大，且肉芽组织良好的可用小块中厚皮植皮。
患慢性病的患者，常有感染，反复化脓，全身抵抗力低下，贫血，治疗上应注意全身治疗。
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