对直肠脱垂，中医学和现代医学有着不同的看法。
中医学认为，直肠脱垂与人体气血不足、中气下陷、湿热下注、久泻久痢、直肠不能收摄固定有关。《诸病源候论》：“脱肛者，脱门脱出也。多因久痢后大肠虚冷所为。”《千金方》云：“妇人产育过多，力尽血枯，气虚下陷，及小儿久痢，皆能使肛门突出。”《疡科心得集》云：“老人气血已衰，小儿气血未旺，皆易脱肛。”
现代医学认为，经常便秘病人，排便用力过猛，此外，有结肠息肉、痔疮的病人排便时向下牵拉直肠，可以使直肠粘膜与肌层分离，或者直肠与周围支持固定的组织分离，形成直肠脱垂。多产妇女、老年体弱的病人，其盆底肌肉、筋膜、韧带，以及肛门括约肌松弛无力，不能固定在正常位置，造成直肠脱垂。
目前对直肠脱垂的病因，有二种学术观点。
其一，滑动性疝学说。认为病人的直肠与子宫(男性为膀胱)之间所形成的凹陷过深，当腹内的压力增加时，直肠前壁承受不了这种压力，就会向直肠壶腹部内陷，长期如此，直肠就会向肛门外脱出，形成一个起始于直肠子宫(或膀胱)的凹陷，脱出在肛门外的直肠由直肠前壁构成疝囊，这种脱出主要是直肠前壁，能形成严重的直肠脱垂。
其二，肠套叠学说。认为直肠脱垂是因为直肠与乙状结肠之间的固定处，由于某种原因受了损伤，在腹内压力持续增加时，上部直肠与部分乙状结肠就会从这个固定处向下部直肠壶腹套叠，直到脱出肛门外，形成直肠前壁和后壁长度相等，肠腔位于中央的直肠脱垂。
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