肛门瘙痒症的发病原因比较复杂，主要归纳为以下方面：
① 肛门、直肠、肛管、结肠和小肠疾病使肛门部过度潮湿，分泌物增加，刺激肛门，是导致肛门瘙痒的常见因素。譬如，肛瘘、肛裂、内痔脱出、直肠脱垂、肛门失禁、湿疣等各种疾病，都可使肛门分泌物增加，肛门潮湿。
② 皮肤病：如霉菌性感染、神经炎皮炎、毛囊炎和皮脂分泌过度导致的脂溢性皮炎、湿疹等，可引起肛门瘙痒。
③ 寄生虫病：如蛲虫病、阴虱病等。
④ 卫生差：局部卫生差，不常清洗，使粪便刺激皮肤。
⑤ 阴道分泌物过多：阴道分泌物过多，流向肛门部，刺激皮肤，引起肛门瘙痒。
⑥ 气候寒冷干燥：内衣过紧，摩擦皮肤。
⑦ 肛门局部使用类固醇治疗，或口服抗生素过久：导致菌群失调，也可引起肛门瘙痒。
⑧ 细菌感染：如大肠杆菌、葡萄球菌等感染，也可致肛门瘙痒症。
⑨ 人粪便中的化学物质、细菌、外毒素，以及粪臭素、吲哚等均可刺激肛门皮肤。
⑩变态反应以及对各种物质的过敏。
⑾ 妇女绝经期及男性更年期缺乏性激素。
⑿ 精神因素，如紧张、忧郁、恐惧、精神性神经痛和精神病人抓伤肛门皮肤。
⒀ 全身疾病，如黄疸、糖尿病、血液病、痛风和风湿。
⒁ 肛腺上皮残余引起细胞抗原性自体免疫反应。
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