凡是使前庭大腺分泌液排出受阻而积聚于管腔，引起腺体囊性扩张的因素，就会引起巴氏腺囊肿。常见的因素有：
(1)慢性炎症的存在使巴氏腺导管阻塞，分泌物排出不畅，以致腺体囊性扩张，形成囊肿。
(2)急性巴氏腺炎炎症消退后，如腺体导管仍阻塞，分泌物不能排出，脓液被吸收，液体逐渐转清，即形成巴氏腺囊肿。
(3)分娩时阴道及会阴外侧裂伤，形成癍痕，或不正确的会阴侧切损伤巴氏腺导管，使巴氏腺管口闭塞，分泌物潴留，也会引起巴氏腺囊肿。
(4)先天性巴氏腺导管狭窄，或分泌物粘稠，巴氏腺液排出不畅，同样能导致囊肿形成。
巴氏腺囊肿形成后可持续存在很长时间，发展缓慢，患者一般没有什么不适感，只是觉得一侧阴唇较另一侧肿大。妇科检查可见：患侧大阴唇下1/3部肿大，有囊性感，无明显压痛，阴道口被挤向健侧。
巴氏腺囊肿合并感染时可转为巴氏腺脓肿。而脓肿经药物治疗炎症消退后，又可因脓液被吸收而转变为囊肿。
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