沙眼衣原体的患病人群以青壮年为主。感染后，潜伏期为数天到数月，一般是1～3周。感染沙眼衣原体后妇女最常见的是引起化脓性宫颈炎，出现脓性白带增多，可伴有外阴瘙痒。如果引起尿道炎时，约一半病人出现尿急、尿频和排尿困难，与淋病性尿道炎不同的是，沙眼衣原体引起的尿道炎无尿痛症状，或尿痛很轻微，可有少量的尿道分泌物。如果巴氏腺被感染，还能引起巴氏腺炎。一般而言，女性患者多数症状很轻，或者没有自觉症状，因此常被忽略，容易造成本病的传播。
妇科检查可见宫颈充血、肥大，有粘液脓性分泌物。由于沙眼衣原体感染常与淋病合并存在，且症状相似，因此临床上要与淋病相鉴别。常规取宫颈分泌物或尿道分泌物涂片，经革兰氏染色，如果未见到细胞内(外)革兰氏阴性双球菌，淋病双球菌培养也为阴性，就可以排除淋病感染。
目前实验室检查衣原体的方法有：衣原体细胞培养法、衣原体细胞学检查法以及衣原体酶免疫检查法。其中以衣原体细胞培养法最敏感、最可靠。检查取材时需将宫颈口分泌物拭净，然后将拭子或细胞刷伸入宫颈管内1～1.5厘米，放置1～2分钟并转动，作宫颈管内细胞取材。
沙眼衣原体除能引起化脓性宫颈炎、阴道炎、尿道炎外，还能经生殖道上行感染，有可能引起急、慢性输卵管炎，子宫内膜炎等盆腔炎症。
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