怀孕4～20周的自然流产率约15%，其中约50%发生在受孕后1～4周，即停经42天之前，这种早早孕习惯性流产的发生与以下因素有关：
(1)黄体功能不全：维持妊娠，首先需要发育良好的子宫蜕膜组织，为受精卵着床及胚胎的生长发育提供良好的营养环境。怀孕早期需要月经黄体分泌足够的孕酮，才能使蜕膜发育良好。受精卵着床的同时，滋养叶细胞也开始分泌绒毛膜促性腺激素(HCG)，其含量不断增加，使月经黄体发育成妊娠黄体，妊娠黄体分泌雌二醇和孕酮，是维持妊娠所必需的激素。黄体功能不全主要指黄体分泌孕酮不足。非孕期妇女黄体功能不全，可使30%的病人发生早孕流产。黄体功能不全时子宫内膜呈分泌不足状态，有报告习惯性流产3次以上者，38%的病人子宫内膜分泌不足。
(2)遗传因素：原因不明的习惯性流产夫妇中，染色体异常率约为5%～10%，有报告约31% 的习惯性流产病人系染色体平衡易位携带者。
自然流产的胚胎染色体异常率约60%。胚胎染色体异常率以三体型异常最多见，占51.9%，其次是45，X，占18 8%，三倍体15.5%，四倍体5 6%，易位占3.8%，嵌合体占1.5%。除染色体异常外，某些基因突变也可使胎儿死亡，引起流产。
(3)免疫因素：①缺乏封闭抗体：妊娠后，胚胎与母体抗原不同，因为母体血浆存在一种封闭抗体 ，保护胎儿免受母体免疫系统的排斥而得以存活。如母血缺少这种封闭抗体，即可发生早期自然流产。多见于近亲结婚者；②RH血型不和：我国99%的人为RH阳性，RH阴性率<1%，如孕妇为R H阴性，丈夫为阳性，胎儿可为RH阳性，进入母血循环，产生抗RH抗体，抗体进入胎血循环，结果胎儿溶血死亡而致流产；③ABO血型不和：见于孕妇为O型，丈夫为A型、B型或AB型，O型中7s球蛋白为抗体，可通过胎盘，引起胎儿ABO血型不和，溶血流产。
(4)子宫因素：①子宫内膜部分增生不良：多次刮宫损伤部分子宫内膜基底层，致妊娠早期流产。②宫内部分粘连：因宫腔体积减少，子宫内膜血运不足，影响受精卵的着床和发育。
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