对于一些难以确诊的男性不育症患者，必要时可做一些特殊检查，以确定诊断，常用的检查方法有：
(1)X线及CT检查：为确定输精管道的梗阻部位，可采用输精管、附睾造影，输精管、精囊造影或尿道造影等；前列腺造影可发现前列腺增大的程度及前列腺癌；睾丸及附睾结核可通过 X线检查确定病变范围；阴茎的X线检查主要针对阴茎硬结症、阴茎异常勃起。高泌乳素血症者，可拍摄蝶鞍X线断层正侧位片以确定有无垂体腺瘤，也可通过CT或MRI检查确诊。男性生殖系CT检查可确诊前列腺增生肥大、前列腺癌、睾丸发育不良、睾丸肿瘤等。
(2)超声检查：主要用于鞘膜积液、附睾血肿、精索静脉曲张、附睾囊肿、附睾炎症、睾丸肿瘤、睾丸扭转等。多普勒超声有助于确诊精索静脉曲张，前列腺疾病也可用超声波方法进行检查。
(3)睾丸活检：直接检查睾丸曲细精管的生精功能及间质细胞的发育情况，局部激素的合成与代谢可通过免疫组化染色法进行检查，本方法主要用于无精子症或少精子症患者。
(4)染色体核型分析：用于睾丸发育不良、外生殖器官畸形以及原因不明的无精子症。
(5)热像图：适用于男性生殖系统肿瘤、男性生殖系炎症。
(6)放射性同位素检查：可发现一些隐匿性疾患，如精索静脉曲张、睾丸扭转、睾丸肿瘤。
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