男性不育按发病的部位可分为下丘脑、垂体、睾丸以及附属性腺、输精通道等病变。但在临床上，一般是按照生殖器官受损的部位和精液、精子的异常将不育症分为下面几类：
(1)精子生成和成熟的障碍所致精液质量低下(精子计数、活率、活力、形态等异常)：主要有睾丸的病变和内分泌异常导致的少精子症和无精子症。
(2)精子输出通道的梗阻：主要有先天性附睾和输精管发育不良以及感染所致的梗阻。
(3)精子不能正常排入女性生殖道内：包括各种射精障碍、性交功能异常等。
(4)附属性腺的异常：主要是前列腺和精囊的功能异常。
临床最常见的男性不育症，多为睾丸病变所致的少精子症、弱精子症和无精子症(约占男性不育的3/4)，而不是下丘脑和垂体的病变导致的不育症。
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