生殖器疱疹主要由单纯疱疹病毒Ⅱ型引起。性交时，病毒颗粒从微小的裂隙侵入皮肤和粘膜的角朊细胞，在那里繁殖，并向周围细胞播散。
初次感染时，人体内尚无抗体形成，容易发生病毒血症和其他内脏器官的感染。当体内产生中和抗体和补体结合抗体后，病毒血症及病毒的播散性传播会被抑制，但局部细胞中的病毒却难以消灭，病毒的繁殖也不能被制止。这些病毒可以经周围神经沿神经轴转入骶神经节，并在那里长期潜伏。平时，神经细胞中缺少病毒繁殖所需要的特异性转录酶，病毒的基因组处于静止状态，无复制繁殖，这种情况有时可维持很多年。当人体受到某种因素影响或机体免疫力下降时，这些潜伏的病毒可以重新活跃，沿受累的神经根返回皮肤粘膜，引起人体发病。日常生活中可能引起病毒活化的因素常有：疲劳、月经期、饮食失调、营养不良、受寒、情绪波动、患急性传染病、高热、创伤等，这就是生殖器疱疹容易反复发作的原因。
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