在临床上，找到结核菌对确诊结核病有很重要的价值。所以，怀疑肺结核时应检查病人的痰液，怀疑结核性脑膜炎时应查脑脊液。结核菌不易找到，尤其是小儿咳嗽不会吐痰，常将痰液咽下，所以，小儿期寻找结核菌的方法主要靠查胃液。
在胃液找结核菌时，需在清晨空腹抽胃液2～5ml，胃液过少时，可用无菌生理盐水10ml洗胃2～3次后抽出，然后送检查室检查。
结核性脑膜炎的病人从脑脊液检查结核菌的方法，应先将脑脊液约 5ml，静置24小时，形成薄膜后，将薄膜取出平铺在玻片上，然后固定，作抗酸染色，在薄膜中往往可找到结核菌。
能吐痰的小儿，可直接作痰液的涂片检查，必要时可作大小便培养或动物接种，但此种方法对早期诊断意义不大，只能作最后确诊的诊断依据。
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