大约80%的婴幼儿腹泻两周内痊愈，约有20%的腹泻孩子，虽积极治疗，但腹泻持续不愈。腹泻病程达两周至两个月的称迁延性腹泻，腹泻病程超过两个月的称慢性腹泻，二者中1%～3%的腹泻孩子为难治性腹泻，有严重的营养不良及生长发育障碍。虽然迁延性及慢性腹泻比急性腹泻少，但对患儿危害严重。有人分析腹泻死亡病例，约半数死于迁延性及慢性腹泻及其合并症。迁延性和慢性腹泻的病因相当复杂，主要有以下几方面：
(1)肠道感染未彻底消除
可从迁延性及慢性腹泻孩子的粪便中培养出痢疾杆菌、沙门氏菌、大肠杆菌、耶尔森肠炎杆菌、空肠弯曲菌，有时可分离出轮状病毒。这些病原微生物在肠道中持续存在，表明肠道免疫功能低下，消除肠道感染的能力不足。肠道致病微生物不能消除，肠粘膜损害持续存在，双糖酶，尤其是乳糖酶缺乏，因此食物中的双糖不能吸收，滞留肠腔形成高渗状态，肠壁液体移至肠腔，引起渗透性腹泻。
(2)乳糜泻
大约乳糜泻患儿的80%～90%人类白细胞抗原阳性，表明人类白细胞抗原阳性的孩子容易发生乳糜泻。发病机理还不清楚，可能与孩子对麦类食物中的麦醇溶蛋白过敏有关。主要病变在小肠，特点是脂肪吸收不良。多在2岁以下发病，食谷蛋白食物3～6个月开始频繁腹泻，大便量多稀薄，灰白色，有恶臭味，有泡沫及脂肪。停用谷类食物，数天至数周后，大便逐渐恢复正常，重复用谷蛋白食物则再次发病。
(3)牛奶蛋白过敏
牛奶蛋白主要包括酪蛋白、α-乳白蛋白、β-乳球蛋白、牛血清蛋白和γ-球蛋白。约03%～7.5%的婴儿牛奶喂养发生过敏性腹泻。有报告认为β-乳球蛋白和乳白蛋白是主要过敏原。牛奶蛋白过敏引起消化道粘膜水肿、渗出、平滑肌痉挛及出血，多在生后 6个月内，尤其是3个月内出现口唇及口腔粘膜水肿、呕吐、腹痛及腹泻。男孩比女孩多见。在喂奶过程中或喂奶后，患儿突然发生剧烈腹痛，面色发红或苍白，双手紧握，下肢屈向腹部，腹泻为绿色稀便，有泡沫，可带粘液和血。病程较久可继发乳糖、脂肪吸收不良，可发生贫血、营养不良及低蛋白血症。由于过敏原透过小肠壁进入血液，可发生消化道外过敏症状，如过敏性鼻炎、湿疹、荨麻疹、支气管哮喘及血中嗜酸细胞增多等。牛奶蛋白过敏多在 2岁后自愈或好转。
所以小婴儿发生难治性非感染性腹泻时，应该考虑到牛奶蛋白过敏的可能性。如果从食物中去掉牛奶，症状消失或减轻，重用牛奶喂养症状再现，即可按牛奶蛋白过敏处理。
(4)肠梨形鞭毛虫病
肠梨形鞭毛虫病又叫蓝氏贾第虫病，是由肠梨形鞭毛虫寄生在小肠上段引起的，发病率为1%～3%。患儿食入肠梨形鞭毛虫包囊，在十二指肠变为滋养体，吸盘吸附肠粘膜，吸收营养物质，引起肠粘膜绒毛萎缩，双糖酶减少，肠吸收功能减退。多数没有症状。如果虫数较多，可引起间歇性或慢性腹泻。大便常带粘液，量多而臭。重症孩子可发生营养不良、贫血或水肿。大便显微镜下检查发现肠梨形鞭毛虫包囊或滋养体可确定诊断。
(5)肠道菌群失调
滥用抗生素，肠道正常菌群受到抑制，肠道过路菌大量繁殖，可导致肠道菌群失调，引起急性或慢性腹泻，大便水样或糊状，泡沫多，大便显微镜检查可见菌群紊乱，球、杆菌比例倒置，大便培养可见过路菌大量繁殖。严重患儿可引起金黄色葡萄球菌肠炎或真菌性肠炎。
(6)营养不良是促成迁延性或慢性腹泻的危险因素
急性感染性腹泻的孩子，如果营养状况良好，免疫功能正常，肠道病原清除彻底，受损肠粘膜更新修复顺利，腹泻较快痊愈。如果患儿营养不良，免疫功能低下，肠道病原清除不彻底，肠粘膜损害持续存在，腹泻就会迁延不愈。所以营养不良、免疫功能低下，肠道持续感染、肠粘膜持续损害是迁延性腹泻和慢性腹泻的发病基础。
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