真菌性肠炎主要是由白色念珠菌引起的。白色念珠菌是肠道正常菌群之一，长期使用广谱抗生素或肾上腺皮质激素，真菌可大量繁殖引起肠炎。
2岁以下婴幼儿发病较多。起病可急可缓，大便次数增加，为黄色稀水便，泡沫多，有粘液，有发霉气味，有的像豆腐渣样，严重的可为脓便或脓血便，可有低热、呕吐、腹胀及腹痛。有些病例先有口腔念珠菌感染。肛门周围可见黄白色伪膜，大便及伪膜涂片在显微镜下检查可见大量真菌孢子和假菌丝。大便真菌培养白色念珠菌反复阳性对诊断真菌性肠炎帮助极大。及时停用抗生素和皮质激素，口服抗真菌药物，可迅速治愈。
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