扁平苔癣的损害可发于任何部位。但总的来讲，四肢多于躯干，四肢屈侧多于伸侧，尤以腕部屈侧、踝部周围和股内侧最易受累。躯干部损害多位于腰部。面部亦可受累，但较少见。头皮发疹时可引起永久性脱发，多呈斑片状，偶可引起弥漫性脱发。脱发处头皮萎缩，或有疤痕形成，与红斑狼疮引起的脱发及假性斑秃有些相似。
粘膜损害多见于口腔，尤多见于颊粘膜。舌部、齿龈、腭部及咽喉部亦可有类似损害。唇部损害与红斑狼疮引起的唇损害极为相似。
生殖器部位的粘膜和皮肤也是扁平苔癣的好发部位。男性多见于龟头，其次是包皮、阴茎及阴囊；女性多见于大阴唇内侧，其次为小阴唇、阴蒂、前庭、阴道及子宫颈。此外，肛门周围的粘膜也可受累。还有一些少见的粘膜发疹部位，如眼结合膜、鼻粘膜和鼓膜也可受累。内部器官，如食道、直肠、尿道及膀胱等处的粘膜偶尔也会受到侵犯。
指、趾甲同样可以发病，其发病率为2%～10%。甲部扁平苔癣最多见于拇指，大都有皮肤和粘膜症状，单纯有甲部症状的罕见，且易误诊。
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