首先应明确引起龟头炎的病因，如果有明确的原因则应进行针对性的治疗。如念珠菌性龟头炎局部应用制霉菌素或克霉唑；阿米巴性龟头炎给予依米丁注射；滴虫性龟头炎可口服灭滴灵。当然，如果是从配偶传染上的，应同配偶共同治疗，以免反复感染。
局部治疗也是很重要的，糜烂渗液为主者，可用高锰酸钾溶液或雷弗奴尔雷琐辛溶液湿敷。干燥脱屑为主者，外用皮质类固醇油膏。若有溃疡形成或感染化脓，应每日用抗生素换药。感染明显而伴有发热和淋巴结肿大者，可全身应用抗生素。
同时，不论患哪一种龟头炎，都应注意局部的清洁卫生，避免各种刺激。包皮过长者，待急性炎症控制后可做包皮环切术。
值得注意的是，由于龟头炎发生在生殖器部位，一部分患者误认为是性病，因而对就医存在种种顾虑，常常自己用药治疗甚至错误地求助于江湖医生，这样做是不明智的。应该对疾病有一个正确的态度，及时到正规的医院诊治，以免延误病情。
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