直接原因尚不明。可能原因为：患者生殖系统继发真菌、滴虫、表皮葡萄球菌、疱疹病毒、大肠杆菌等感染；也可能是性病后泌尿、生殖道粘膜尚未恢复，或粘膜水肿、结缔组织增生、尿道狭窄；此外，患者有心理和精神障碍。
中医学认为湿热淫毒之邪伤人，易致局部气血阻滞，日久可伤及肝、脾、肾，表现为脾肾阳虚或肝肾阴虚。
(1)湿热余毒未清 由于湿热余毒未清，故仍有尿频、尿急或者尿痛及局部潮湿或痒痛。
(2)气血瘀阻 湿热之邪阻滞局部气血，故会阴部疼痛不适，或龟头疼痛。
(3)脾肾阳虚 湿热阴毒阻滞日久，伤及阳气 ，故四肢厥冷，阳痿，早泄，大便溏薄，阴痒，下腹冷痛。
(4)肝肾阴虚 湿热淫毒最易耗伤肝肾之阴，患者出现五心烦热，腰膝酸软。
性病后综合征除以上原因外，另外有以下几点不容忽视。①医源性原因，医生们强调了性病的不良后果，加重了病人精神负担，尤其是个体行医者的夸大其辞；②社会上对性病患者的精神压力；③患者本身缺乏正确的生理知识，常把尿道或阴道正常分泌物，及用力解大便时的精液溢出等归咎于性病；④这些患者常阅读不少有关性病的文章，一知半解，生搬硬套，如把生殖器痒痛、皮疹，关节酸疼，精神紧张所致的疲劳，以及其他疾病的症状认为是性病；⑤个别患者可能存在某些神经、精神异常的倾向或遗传素质。
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