加特纳菌是一种厌氧杆菌，治疗主要是用一些针对本病的抗生素。常用药物为：
(1)灭滴灵 每次0.2g，每日3次。连服7天。也可阴道给药。
(2)四环素 每次0.5g，每日4次口服，连服7天。也可同时阴道给药四环素，每日2次。孕妇忌用。
(3)泰利必妥 每次0.2g，每日2次，连服7天。
(4)磺甲硝咪唑 是一种硝基咪唑药，每日1次，每次1g，饭后服用，连服15天。
(5)氨苄青霉素 每次0.5g，每日4次，连服7天。
(6)先锋霉素 每次0.5g，每日4次，连服7天。
使用以上任何一种药物，同时还应以0.5%乳酸或醋酸溶液作阴道冲洗，以恢复阴道内酸性环境，抑制该菌的生长。
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