用于治疗牙周病的药物有很多，一般有作用于病原因子的抗菌疗法、作用于骨吸收过程的阻断疗法和中医药治疗。
抗生素可有效地治疗牙周组织病，但因牙周病的特殊致病菌问题尚未解决，因此选用抗生素仍然处于盲目状态，为了防止形成耐药菌株，破坏口腔微生物生态平衡，减少对宿主的副作用，应当遵循以下原则：①首先进行基础治疗，若基础治疗反复进行效果不佳者，可结合使用抗生素辅助治疗。②急性感染的牙周炎症(如多发性牙周脓肿等)可考虑首选抗生素，但在取得明显疗效后应立即停止，治疗剂量的抗生素长期使用是禁忌的。③尽量选用小剂量和窄谱抗生素。④尽量采用局部控释的给药途经。常选用的口服药物有：四环素250mg ，每日4次，连服2周；螺旋霉素200mg，每日4次，连服5～6天为1疗程；甲硝唑(灭滴灵)20 0mg，每日4次，连服5～7天。还可选用青霉素、红霉素、麦迪霉素、洁霉素等。漱口剂有0.12%～0.2%洗必泰液(又称氯已定，是双胍类化合物)，每次2分钟，每日2次，连用2周，以及2%盐水液、1%过氧化氢液、2%碳酸氢钠液、1/5000高锰酸钾液、复方硼砂液、芳香漱口液等，可抑制菌斑的沉积，减少口腔内细菌的数量，控制炎症，起清洁和消毒口腔的作用。局部还可进行碘氧治疗，即将碘化钾晶体置于牙周袋内，并注入3%双氧水数滴。双氧水和碘化钾一起，同组织中的过氧化酶作用，析出碘分子、新生氧和氢氧化钾，可腐蚀坏死组织，并使其随气泡排出，同时产生大量的热能，促进局部血运，增进炎症组织痊愈。常用的局部涂药是碘甘油、碘酚，有消炎收敛的作用。患者可将碘甘油自行置于牙周袋内，而碘酚为腐蚀性较强的药物，有强大的杀菌力，不可让患者自行上药，以免灼伤粘膜。常用氧化疗法治疗局限的顽固性龈炎。用30%过氧化氢10滴置于小杯内，随即加入5%小苏打1滴中和其酸度，并立即用小棉球蘸取药液，压于发炎的牙龈组织上，见龈色发白，将小棉球移开，牙龈又呈红色。如此反复2～3次即完成治疗，每周治疗2次。目前临床上应用的最理想的剂抗生素剂型是控释抗菌药物，如四环素药管、灭滴灵药膜、甲消唑棒等。它具有用药剂量小，牙周局部浓度高，维持时间长，疗效高，不易产生耐药菌株和宿主的特点。
作用于骨吸收过程的阻断疗法有非激素类抗炎药物制剂布洛芬、敏康能、芬必得、风平，该类药物可以抑制前列腺素的合成，从而阻止牙周病时牙槽骨的吸收。放线菌酮制剂和制酸剂也能阻止牙周病时牙槽骨的吸收。
中医药治疗也可以用于治疗牙周病并能取得很好的疗效。
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