口腔中的病灶主要是牙源性的，包括牙髓病及由其继发的根尖周病和牙周病。但病灶不仅仅发生或存在于口腔，亦可发生或存在于其他器官，特别是与体腔相通的器官和组织，例如上颌窦、扁桃体、阑尾、胆囊等。一般说来病灶主要是以慢性炎症形式出现，所以可称为 “慢性牙源性病灶感染”，有别于牙源性急性炎症引起的间隙感染或全身疾病(如败血症、纵隔炎、肺炎、脑膜炎、脑脓肿等)。口腔病灶感染可能导致或诱发的疾病种类很多，包括神经系统疾病(头痛、眩晕、脑脓肿等)、心血管疾病(风湿性心脏病、感染性心内膜炎等)、眼病(虹膜炎、睫状体炎、脉络膜炎等)、肠胃道疾病(慢性胃炎、溃疡病等)、肾脏疾病、皮肤病等。关系比较密切的有三种，亚急性感染性心内膜炎、关节炎(风湿性关节炎或类风湿性关节炎)、眼病。
对于牙病是否都是口腔病灶，不明原因的全身疾病是否都要寻找和处理口腔病灶这类问题，目前尚难得到充分和满意的答复。实践已证明，只有那些怀疑为口腔病灶，而且经过处理后，全身或其他疾病得以治愈或明显缓解者，口腔感染的诊断才能成立。除此之外的关于诊断病灶的方法均为非特异性的，临床应用价值不大。
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