隐形眼镜本身材质不同，所适用的消毒杀菌方法也不一样。
一般软式隐形眼镜为水胶制成，舒适透氧，但易吸附污垢；硬式(均指最新的透氧硬式隐形眼镜)则是压克力加入硅胶，因不易吸附微生物及化学药剂等特质，所以清洁保养较简单方便。两者清洁保养药水不能互用。
一般硬式镜片可以隔绝药剂附着，所以硬式隐形眼镜药水浓度高，具防腐剂，但软式镜片反而会加倍吸收药剂，产生对眼睛的毒性，应特别注意。
医师建议的隐形眼镜完整清洁保养方式:
■双氧水消毒系统：洗手→加清洁液用手搓洗→生理食盐水冲净→双氧系统浸泡、保存
■多功能消毒系统：洗手→加清洁液用手搓洗→多功能药水冲净→多功能药水浸泡、保存
■每周固定用酵素片去蛋白：清洁干净的镜片→酵素片使用(30分钟至4小时，视厂牌而定)→生理食盐水冲洗数次→杀菌保存。
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