婴幼儿肥厚性幽门狭窄大多为先天性疾病，至今发病原因尚未完全明了，有关专家认为是因为先天性植物神经发育不平衡所致，它会造成幽门部分梗阻，发病率大约为0.1%-0.3%。

然而，157名新生儿因意外地与一位患百日咳的照管者密切接触而被接受红霉素治疗，以预防传染上百日咳，结果其中有7名新生儿发生肥厚性幽门狭窄，发病率高达5%。这种疾病是胃底部的肌肉异常增大，从而阻止了食物从胃部进入肠道，以呕吐为突出表现，大多在出生后2-3周开始逐渐加剧，呈持续喷射性呕吐，呕吐物为奶块，不含胆汁，宝宝吐后即又要吃奶，常可在上腹部触摸到一个条状肿块，确诊后需进行手术治疗。因此专家们认为红霉素是引起婴幼儿患肥厚性幽门狭窄的危险因子，因此给新生儿用时一定要慎重。