认知疗法的理论基础是阿龙·贝克提出的情绪障碍认知理论。他认为：心理问题“不一定都是由神秘的、不可抗拒的力量所产生，相反，它可以从平常的事件中产生，例如错误的学习，依据片面的或不正确的信息作出错误的推论，以及像不能妥善地区分现实与理想之间的差别等等。”他提出，每个人的情感和行为在很大程度上是由其自身认识世界、处世的方式或方法决定的，也就是说，一个人的思想决定了他内心体验和反应。
认知理论的出发点在于确认思想和信念是情绪状态和行为表现的原因。贝克论证说，抑郁症病人往往由于做出逻辑判断上的错误因而变成抑郁、歪曲事情的含义而自我谴责；一件在通常情况下很小的事情(如溅出饮料)会被他看成生活已完全绝望的表现。因此抑郁症病人总是对自己作出不合逻辑的推论，用自我贬低和自我责备的思想去解释所有的事件。

贝克把人们在认知过程中常见的认知歪曲归纳为五种形式：

(1)任意推断：即在证据缺乏或不充分时便草率地作出结论，如“我是无用的，因为我去买东西时商店已经关门了。”

(2)选择性概括仅依据个别细节而不考虑其他情况便对整个事件作出结论，这是一种瞎子摸象式的、以偏概全的认知方式。如“单位中有许多不学无术的人在工作，这是我做领导的过错。”

(3)过度引伸：或称过度泛化，是指在单一事件的基础上作出关于能力、操作或价值的普遍性结论，也就是说从一个琐细事件出发引伸作出的结论。如“因为我不明白这个问题，所以我是一个愚蠢的人。”或“因为打碎了一只碗，所以我不是一个好母亲。”

(4)夸大或缩小：对客观事件的意义作出歪曲的评价，如“因为偶然的开玩笑，并无恶意地撒了一次谎，于是认为完全丧失了诚意。”

(5)走极端的思维：即要么全对，要么全错，病人往往把生活看成非黑即白的单色世界，没有中间色。如没有被聘为电视播音员，从而就产生：“我感到非常沮丧，因为没有什么地方再会聘用我了；我现在连整理房间的能力也没有了，我成为一个无用的人了。”
一般认为，抑郁病人的思维内容是以失落感为特征的，对前途丧失信心，对工作丧失兴趣，并有生理功能的丧失(如性功能、食欲、体重等)、病人往往以“负性认知倾向” 为其认知特征，“他们往往把自己看成是被剥夺了的、失败的或者是有缺陷的人；他们周围的世界充满了荆棘和艰难，几乎没有一丝成功的喜悦；他们的前途没有一点自我满足的希望，只有痛苦和挫折。”这些观念被称为抑郁认知三联征。病人往往在认知范围的大小、内容和本质上都有歪曲，形成的看法往往是固执和消极的。已经有许多实验研究证实并支持认知理论的一些主要论点，如已经证实情绪抑郁和非抑郁病人之间在下列几方面存在差异：对前途的期望、梦的内容、对想象情境的解释、认知功能的问卷调查评分(如自主思维问卷ATQ)。认知指导技术也已经显示对抑郁心境以及消极思维等有心理矫正作用。
贝克的病理心理学认知模式已经广泛用于对焦虑障碍、恐怖障碍、偏执状态、药物滥用、性功能障碍和神经性厌食的理论分析，所有这些分析都是根据贝克的下述理论假设：在信息形成过程中产生的曲解和谬误导致了情绪障碍的发生。
马尔奈和阿恩考夫(1978年)归纳了目前认知学习理论家常用的三个基本观点，对学习认知疗法有重要的意义：

(1)人们的适应性或适应不良性行为和情感的类型是经过认知过程而产生的；

(2)这些认知过程可以被一定的“图式”(贝克将不合逻辑的推论称为图式)所激活；

(3)治疗医师的主要角色既是诊断者又是教育者。即评定适应不良性认知过程，安排一定的学习训练任务、矫正认知、行为和情感的类型。