呼吸系统包括鼻、咽、喉、气管、支气管和肺，是通气和换气的器官。通常以喉环状软骨为界将呼吸道分为上、下两部分。下呼吸道从气管起，支气管经逐级分支到达肺泡。终末细支气管以上为传导部分，呼吸细支气管以下为换气部分。临床上，通常把管径＜2mm的小支气管和细支气管，称为小气道。传导性气道管壁覆盖纤毛柱状上皮，肺泡则由肺泡上皮覆盖。Ⅰ型肺泡细胞胞浆扁阔，覆盖90％以上的肺泡面积。Ⅰ型肺泡上皮细胞和毛细血管内皮细胞及其基膜组成的肺泡毛细血管膜（alveolocapillary membrane）构成血气屏障，是气血交换的场所。Ⅱ型肺泡细胞为数较少，呈立方形，镶嵌在Ⅰ型上皮细胞之间，能排泌肺表面活性物质。
呼吸系统与外界相通，肺又是体内唯一接受全部心输出血量的器官，血流量也多，环境中的有害气体、粉尘、病原微生物及某些致敏原和血流中的致病因子易侵入肺内引起疾病。在以往，呼吸系统疾病中以感染性疾病居多，尤其是细菌性肺炎、肺结核病较常见。随着抗生素的普遍应用，感染性疾病得以被有效控制。而由于大气污染、吸烟和某些其它因素，慢性阻塞性肺疾病、肺癌、职业性肺疾病、慢性肺源性心脏病等的发病率和病死率则日趋增多，应引起足够重视。
尽管呼吸系统与外界环境接触最频繁，环境中的有害因素常是诱发肺疾病的主要原因，但呼吸系统的防御功能，能净化自身，可防止有害因子入侵造成损伤。纤毛－粘液排送系统乃呼吸道特有的保护装置，能将沉积于粘液中的有害因子自下而上地向外排送；而且粘液成分中还含有溶菌酶、干扰素、补体系统、分泌型IgA等免疫活性物质，具有增加局部免疫力的作用。肺泡毛细血管膜不仅能清除沉积于肺内的微粒，还具有选择性渗透的屏障作用，能防止吸入性有害物质侵入肺深部组织。肺巨噬细胞是肺内重要的防御细胞，能吞噬吸入的有害物质，还可摄取和处理抗原，将抗原信息传递给淋巴细胞，以增强其免疫活性，参与特异性免疫反应。呼吸系统防御装置如受损，则防御功能降低，在发病环节中起着重要作用。